按照国务院的统一部署，为全面准确客观地掌握粮食库存的真实情况，2009年4月至8月，国家开展了全国范围的粮食库存清查工作，目前已顺利结束。清查结果表明，2009年3月末全国国有粮食企业粮食总库存4508亿斤（原粮），账实相符率为99.7％，质量总体良好，质量合格率为97.1％，宜存率为99.1％。总库存中超过一半以上的粮食为2008年收获的新粮，库存品种结构更加合理，区域布局进一步改善。
        这次全国粮食清仓查库工作实行自上而下部署组织，自下而上进行全面清查。国家成立了由发展改革委牵头，监察部、财政部、农业部、审计署、国家质检总局、国家统计局、国家粮食局、农业发展银行和中储粮总公司10个部门和单位共同组成的全国粮食清仓查库部际联席会议，负责总体组织协调。地方省、市、县人民政府也成立了相应的领导机构，负责对辖区内国有及国有控股粮食企业粮食库存进行彻底清查。
        这次粮食库存清查分为县级政府组织督导企业自查、市（地）级政府进行全市普查、省级政府进行复查、国家部际联席会议成员单位联合抽查和检查结果汇总整改等阶段。清查工作以2009年3月末为检查时点。按照“有仓必到、有粮必查、有账必核、查必彻底”的原则，对检查人员实行统一抽调、集中培训、混合编组、本地回避；采取随机抽查、突击检查和暗查相结合的方式，对辖区内国有及国有控股粮食企业库存的中央事权粮食、地方储备粮和企业商品粮实行“在地检查”；对检查工作底稿和检查报告逐级签字确认，实行严格的责任追究制度，同时，加大涉粮案件查办力度，各级监察、审计和粮食等部门都设立了举报电话，部际联席会议和省级清仓查库领导小组共受理群众举报154件，其中与粮食库存管理有关的93件已全部查结，基本属实的14件，对有关责任人进行了严肃处理。
        这次粮食库存清查工作，坚持公开透明，主动接受新闻媒体和人民群众监督。各级政府共邀请6375名人大代表和政协委员现场督导清查工作，提高了清查工作的透明度和公信力。
        这次粮食清仓查库结果表明，全国粮食库存管理总体良好，管理水平逐年提高，检查时点粮食库存数量真实，质量良好，储存安全。但粮食库存管理还存在一些问题和薄弱环节，主要是一些企业库存管理基础工作比较薄弱，个别企业管理粗放，存在执行政策不规范，少量政策性粮食质量较差等。对检查中发现的问题，各地及时提出了整改意见并认真督促落实。
        目前，全国粮食清仓查库部际联席会议已对下一步工作做出具体安排，要求各地、各有关部门以此次清仓查库为契机，认真总结经验，深入组织调研，进一步完善政策，理顺体制机制，强化管理措施，逐步建立健全粮食库存监管长效机制，推动粮食库存管理水平再上新的台阶，夯实粮食宏观调控物质基础，确保国家粮食安全。