作为机构改革先行先试城市之一，深圳于2009年及2011年分别推行了市政府机构改革及市辖区党政机构改革。深圳市编办表示，下一步，深圳将继续“先行先试”，在政府机构改革上更加突出政府职能转变，并按照职能有机统一和精简高效要求，在更大范围、更深层次上探索大部门体制，力争在社会管理、民生服务、市场监管等领域进一步深化完善大部门体制。
　　探索推进相对集中行政审批权改革
　　深圳市编办介绍，下一步，深圳在机构改革上的总体设想主要包括：更加突出政府职能转变、更加合理完善大部门体制、更加系统推进基层管理体制改革、更深层次创新事业单位体制机制、更加协调地推进配套改革五大方面。
　　深圳市编办表示，将继续把职能转变作为行政体制改革的核心，简政放权，坚决退出公民、法人和其他组织能够自主解决、市场机制能够自行调节、行业组织能够自律解决的领域，取消政府直接管理经济、社会微观事务，不断强化政府宏观规划引导、依法监管等职能。
　　同时，更加合理地划分事权，合理界定各级政府职责权限；大力精简、下放及转移行政审批事项，积极推进行政审批规范化建设，探索推进相对集中行政审批权改革；更加强化政府的公共服务职能，创新服务供给方式，稳步推进基本公共服务均等化，加快实现对外来务工人员提供“同城人、同待遇”的公共服务。
　　探索构建与大部制相适应的权力结构
　　在完善大部门体制方面，深圳市编办透露，深圳将加大力度探索实现决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调，合理构建与大部门体制相适应的权力结构，完善行政决策机制，强化行政执行机制，健全行政监督机制，增强政府运作的协调性。
　　同时，在基层管理体制改革上，将按照现代社区发展趋势，合理调整基层管理机构的职责，实现上下层级间功能错位，优势互补，更好地改进管理和服务;并以基层管理体制改革协调推动基层治理模式变革，积极培育发展社区社会组织，强化社会组织的社会服务功能，充分发挥居委会和各类群众自治组织的积极作用，积极推动居民参与社区管理和服务，率先构建社区治理新格局。
　　为进一步发挥大部门的功能，在配套改革上，深圳将充分利用现代化、信息化手段支撑，通过电子政务建设进一步优化和再造部门间办事流程；不断改进政府公共服务方式，健全政务服务体系。同时，完善公务员分类管理制度，激发公务员积极性；不断改革公共预算，推进建立完善的公共财政体制，提高公共服务支出；探索政府绩效管理等，逐步实现从结构性改革更多地转向管理性改革，全面提高政府管理效能。